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水產養殖中會產生大量的廢水，廢水生物處理方法利用微生物和自養性植物改良水質，有助于防止殘餌與代謝產物積累所引起的水質敗壞。自養性植物包括色藻類、高等水生植物等。以下就不同的生物處理方法分開進行介紹。

2、活性污泥法

活性污泥法中活性污泥由細菌、原生動物等組成，常見的有酵母、草履蟲及霉菌等?；钚晕勰喾ǖ膽脷v史較長，其原理及工藝技術已經成熟，在養殖廢水行業應用十分廣泛，去處氮磷的效果比較好；但有也有著顯著缺點，該法占地大，產生的污泥如處理不好會產生二次污染，并且運行費用高。

現有的生物法中，活性污泥法在含鹽程度不高的情況下有較理想的效果，因此不適于處理海水養殖廢水。

3、大型藻類

除磷、氮及菌藻調控技術大型藻類的養殖技術一般比較成熟，種群數量容易控制，它們本身又可用作飼料、藥材甚至是食品。因此自20世紀70年代開始，逐漸利用大型海藻來凈化養殖環境。目前，試驗進行的大型藻類生物凈化作用所涉及的大藻包括綠藻、褐藻、紅藻等，主要針對養殖自身污染，對養殖環境的營養鹽負荷以及可能造成的赤潮生物的爆發而進行研究。一般采用石莼類和江籬類為吸收營養鹽的素材，對赤潮生物的抑制一般以石莼類為研究材料。我國養殖廢水產生的病害一般發生在雨季和高溫季節，因此，應當積極篩選溫度適應廣和鹽度使用度廣泛的大型藻類，以滿足我國養殖水域凈化的需要。此外，現在已經開展菌藻聯合調控技術的研發，但利用大型海藻抑制自然水體等作用還沒有穩定，沒有在自然海區投人實際應用。細菌和藻類是水生態體系中調節水質的重要微生物,它們能夠有效控制養殖水體中的NH4+-N、NO2--N等營養鹽含量,改善水質，且無毒無副作用、不污染環境的特點，符合健康養殖的要求。

4、人工濕地

以景觀水體為處理對象，構建了植物浮床生態箱-植物浮床生態箱-人工濕地-沉水植物生態箱多級的人工生態系統，在系統中引入了魚類、螺螄、蝦以及多種植物等物種。用這種生態系統進行試驗，可得出系統達到穩定運行之后，景觀水體池中，DO、TN、TP、COD、NH4+-N等平均值數據都較為可觀。