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水產業的不斷發展伴隨著大量的養殖廢水排放，這使得水體污染愈加嚴重，隨之也產生了一系列的環保方面問題。養殖污染已在不知不覺間成為繼工業污染、生活污染之后的第三大污染源，成為我國水源污染的主要原因之一。

目前，養殖方式已由以前的粗養、半精養向精養過渡，但由于片面追求經濟效益，養殖密度過大，養殖品種單一，養殖水體中自然生態體系的平衡容易被打破，自身污染嚴重。所以水產養殖污水處理，必須引起社會的重視。這些養殖場產生的污染如得不到及時的處理，必將產生對環境的極大危害，造成生態水產品品質下降，環境惡化且危及人們的健康。

水產養殖污水中主要的污染物有氨氮、有機污染物、亞硝酸鹽、磷及污損生物。目前，我國已開展了一些港灣及傳統網箱養殖區的污損生物調查研究。與工業、生活污水不同，水產魚污水屬污染物成分簡單的低濃度有機污水，BOD一般較低。但水產生物對水質的要求較高，氨氮和硫化氫是育苗水體中最普遍的有害物質，水體中的氨氮和硫化氫濃度會隨著育苗的進行而逐漸升高。氨氮是水產生物的排泄物，也是殘餌、糞便以及動植物尸體等含氮有機物分解的終產物。硫化氫則是由于含硫有機物在缺氧條件下，由厭氧細菌分解形成。水質和底質敗壞而誘發弧菌等致病菌的大量繁殖，導致疾病發生，更多的則是由于生態系統的破壞和放養密度的增加而導致生態失衡的綜合因素所致，水生物的抗病力降低，造成更易感染致病菌。

微生物直接或間接地作用于水產養殖對象和養殖環境，很好地分解養殖生物排泄物、殘餌以及浮游植物殘體等有機物，同時微生物鏈在水質凈化中通過氧化、還原、同化和異化作用把有機物轉變為簡單的化合物，保證水質的正常功能，從而維持養殖環境生態系統中養殖生物、病原、水質間的平衡。

水環境表層有氧區氧化作用，底層無氧區無氧發酵作用使含碳物質轉化為二氧化碳供植物光合作用利用。微生物在碳循環中的作用微生物參與碳循環的轉化，主要是通過它們對各種含碳化合物，特別是含碳無氮有機物的作用而進行，其主要是常見的發酵和氧化作用。