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我國的水產養殖業發達程度位居世界之首，但是環境保護措施卻相對滯后。一些臨海城市的港灣眾多，淺海灘涂遼闊，海洋生物資源豐富。水產業的不斷發展伴隨了大量的水產養殖廢水排放，使得水體污染嚴重，帶來了一系列的環保問題。

水產養殖廢水中主要的污染物有氨氮、亞硝酸鹽、有機污染物、磷及污損生物。目前，我國已開展了一些港灣及傳統網箱養殖區的污損生物調查研究。與工業、生活污水不同，水產魚污水屬污染物成分簡單的低濃度有機污水，BOD一般也較低。但水產生物對水質的要求較高。氨氮是水產生物的排泄物，也是殘餌、糞便以及動植物尸體等有機物分解的終產物。水質和底質敗壞會誘發弧菌等致病菌的大量繁殖，并且導致疾病發生，更多的是由于生態系統的破壞和放養密度的增加而導致生態失衡的綜合因素所致，水生物的抗病力降低，造成更易感染致病菌。

目前，養殖方式已由以前的粗養、半精養向精養過渡，但由于養殖密度過大，養殖水體中自然生態體系的平衡被打破，自身污染嚴重。另外，由于工業廢水、生活污水的亂排亂放，導致養殖水體的外源污染也日益嚴重，養殖病害頻繁發生養殖污染已成為繼工業污染、生活污染之后的第三大污染源，成為我國水源污染的主要原因之一。這些養殖場產生的污染如得不到及時的處理，必將產生對環境的極大危害，造成生態環境惡化、水產品品質下降并危及人體健康。